El convenio especial de cooperación está regulado en los artículos 6, 7 y 8 del Decreto Ley 393 de 1991 y en el artículo 17 del Decreto Ley 591 de 1991 y por lo tanto, está sujeto a las normas de derecho privado. En ese orden de idas, son las partes las que deciden cuales son las reglas que van a regular su relación contractual, siendo posible pactar multas, clausula penal, así como hacer efectivas las garantías y declarar el incumplimiento de acuerdo con las reglas propias del derecho privado.
Es importante precisar que en este tipo de convenios no es posible hacer uso de las facultades que tienen las Entidades Estatales cuando los contratos están sometidos a la normativa del Sistema de Compra Pública, porque aunque una de las partes es una Entidad Estatal, por expresa disposición legal el contrato está sometido al derecho privado.