El convenio especial de cooperación está sujeto a las normas de derecho privado, de acuerdo con lo previsto en el Decreto Ley 393 de 1991 y 591 de 1991. Si el convenio especial de cooperación introduce líneas de acción relativas a contratos para la administración de proyectos o contratos de financiamiento estos deben atender a la normativa aplicable a cada uno de ellos.
No obstante, las Entidades Estatales deben verificar que los ejecutores de los proyectos de Ciencia, Tecnología e Innovación sean idóneos para desarrollar el objeto del contrato con el fin de que se cumpla el objetivo general de fomentar el desarrollo de actividades de Ciencia, tecnología e innovación. Para ello pueden tener en cuentas aspectos como la correspondencia entre el objeto social del contratista y el objeto del convenio, la capacidad de su personal, la experiencia, su estructura organizacional, indicadores de la eficiencia de la organización y la reputación. Corresponde a la Entidad Estatal determinar cuál es la mejor manera de verificar la idoneidad de acuerdo con el objeto a contratar y el tipo de persona natural o jurídica que eventualmente sería la más apropiada para ejecutar el convenio.